En física atómica, molecular y óptica, así como en química cuántica, Hamiltoniano molecular es el nombre dado al operador Hamiltoniano que representa la energía del sistema constituido por los electrones y el núcleo de una molécula. Este es una operador auto-adjunto, es decir Hermitiano, cuya ecuación de Schrödinger asociada juega un papel central en la química computacional y en la física computacional para calcular propiedades de moléculas y agredados de las mismas, así como la conductividad óptica, propiedades magnéticas y reactividad

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